Bár az Anki lenyűgöző hatékonyságot nyújt a tanulásban, fontos tudni néhány hátrányát is:
1. Az Anki hatékonyan működik kifejezetten a memóriaközpontú tanulásra, de összetettebb témák esetén más módszerek lehetnek hatékonyabbak.
2. Az algoritmus nem tolerálja a kihagyott napokat, ami stresszt és nyomást okozhat, ha valaki nehézségekbe ütközik a követéssel.
3. Az Anki felülete nem túl modern vagy felhasználóbarát.
4. A bővítmények hozzáadása néha problémás lehet.
5. Az alkalmazás funkciói nem mindig elérhetőek magyar nyelven.